2009.03版の申請ソフトにおける変更点は以下のとおりです。
１．申請区分追加対応
（注意）申請ソフトで申請区分を選択する際、以下に注意してください。（生物由来医薬品、特定生物由来医薬品についても同様です）
【医薬品：2009/03/31までの申請、同差換】
170医療用医薬品（７）
171医療用医薬品（７の２）
172医療用医薬品（８）
173医療用医薬品（８の２）
174医療用医薬品（９）
175医療用医薬品（９の２）
176医療用医薬品（９の３）
177医療用医薬品（９の４）
【医薬品：2009/04/01以降の申請】
178医療用医薬品（７）（バイオ）
179医療用医薬品（８）（剤型追加）
180医療用医薬品（８の２）（剤型追加）
181医療用医薬品（９）類似処方配合剤
182医療用医薬品（９の２）類似処方配合剤
183医療用医薬品（１０）
184医療用医薬品（１０の２）
185医療用医薬品（１０の３）
186医療用医薬品（１０の４）
【医療機器：2009/03/31までの申請、同差換】
151臨床試験あり（新医療機器）
152臨床試験あり
153承認基準なし臨床なし
154承認基準あり臨床なし
155管理医療機器承認及び認証基準なし
【医療機器：2009/04/01以降の申請】
156新医療機器
157改良医療機器（承認基準なし臨床あり）
158改良医療機器（承認基準なし臨床なし）
159改良医療機器（承認基準あり臨床なし）
160後発医療機器（承認基準なし臨床なし）
161後発医療機器（承認基準あり臨床なし）
162新・改・後発医療機器（承認基準あり臨床なし）
２．手数料改訂対応
① 医薬品等の手数料が改訂されました。
改定後の手数料金額については、医薬品等の「申請手数料一覧」をご確認ください。
②医療機器関係の手数料が改訂されました。
改定後の手数料金額については、医療機器の「申請手数料一覧」をご確認ください。
３．不具合・誤記修正対応
①「申請書作成」-「申請入力」-「製造方法」タブ画面の「剤型分類の検索」の検索機能における不具合を修正しました。
②「申請書作成」-「申請入力」-「成分及び分量又は本質」タブ画面の「規格」ドロップダウンリストの表示内容における不具合を修正しました。
※ 2007.09版の英文併記対応で、データベースのレイアウトを変更しています。2007.09版のバージョンより古いバージョンでの環境で、本バージョンを使用する際は、旧バージョン迄の大臣・知事名データベース（PrefGove.GDB）は使用できないことに注意してください。
※ 2005.11版より前のバージョンからのアップデートを行う場合、既存一部ファイルレイアウトに変更があるため、データのコンバート処理が実行されます。
上記に該当するバージョンアップを行なう場合は、インストールマニュアルをよく読んで実行してください。